| 1 | 2548 | รางวัลพระราชทานจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี มอบให้โรงเรียนที่มีผลการดำเนินกิจกรรมส่งเสริมการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์ดีเด่น | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย | |
| 2 | 2553 | รางวัลพระราชทานจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี มอบให้โรงเรียนที่มีผลการดำเนินกิจกรรมส่งเสริมการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์ดีเด่น | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย | |
| 3 | 2555 | ได้รับรางวัลในฐานะโรงเรียนที่มีการจัดการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์เพื่อการพัฒนาอย่างยั่งยืน มีการนำความรู้ทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมาสร้างสรรค์ประโยชน์ต่อสังคมอย่างเป็นรูปธรรมจนเป็นที่ประจักษ์ | วุฒิสภา | |
| 4 | 2556 | ร้านอาหารในโรงอาหารของโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ได้รับการตรวจประเมินตามข้อแนะนำสุขลักษณะที่ดีในการผลิตอาหาร โดยผลประเมินปรากฏว่าผ่านเกณฑ์ | สถาบันอาหาร กระทรวงอุตสาหกรรม | |
| 5 | 2556 | ได้รับรางวัลจากผลงาน “การพัฒนานักเรียนที่มีความสามารถพิเศษด้านคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์” | สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร.) | |
| 6 | 2557 | ร้านอาหารในโรงอาหารของโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ผ่านเกณฑ์ดีเยี่ยม จากการประเมินการจัดการสุขลักษณะที่ดีในการผลิตอาหาร | สถาบันอาหาร กระทรวงอุตสาหกรรม | |
| 7 | 2556 – 2557 | สำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี ได้กำหนดให้หน่วยงานรัฐจัดตั้งศูนย์ข้อมูลข่าวสารของราชการขึ้น รางวัลนี้มอบแก่โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ในฐานะเป็นหน่วยงานต้นแบบในการจัดตั้งศูนย์ข้อมูลข่าวสารของราชการ | สำนักนายกรัฐมนตรี | |
| 8 | 2558 | รางวัลพระราชทานจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี มอบให้โรงเรียนที่มีผลการดำเนินกิจกรรมส่งเสริมการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์ดีเด่น | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย | |
| 9 | 2557 และ 2558 | ได้รับคะแนนสูงสุดเป็นลำดับที่ 10 ของหน่วยงานภาครัฐ จาก 115 หน่วยงาน และเป็นคะแนนสูงสุดขององค์การมหาชน จาก 50 หน่วยงาน 2 ปีซ้อน | สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (สำนักงาน ป.ป.ช.) | |
| 10 | 2558 | เป็นรางวัลจากการประเมินคุณภาพและมาตรฐานในการจัดการเรียนการสอนและการบริหารจัดการ | สำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) หรือ สมศ. | |
| 11 | 2558 | ได้รับรางวัลจากผลงาน “โครงการพัฒนาความรู้ทางวิชาการด้านคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี สำหรับครูระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ที่จัดการเรียนการสอนนักเรียนห้องเรียนวิทยาศาสตร์ สังกัด สพฐ.” | คณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร.) | |
| 12 | 2559 | โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ได้ดำเนินการปรับเปลี่ยนโพรโทรคอลอินเทอร์เน็ตจากเครือข่ายเดิมไปสู่ IPv6 ตามมติคณะรัฐมนตรีที่ให้หน่วยงานต่างๆ ดำเนินการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐาน การพัฒนาบุคลากร การส่งเสริมการให้บริการ และการสร้างความตระหนักและให้ความรู้ในการใช้งาน IPv6 เมื่อดำเนินการเสร็จเรียบร้อยแล้ว โรงเรียนจึงได้รับรางวัลดังกล่าวในฐานะที่ประสบความสำเร็จในการดำเนินการ | กระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร (ชื่อกระทรวงในขณะนั้น ปัจจุบันเปลี่ยนมาเป็นกระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม) | |
| 13 | 2560 | รางวัลสำหรับหน่วยงานที่ให้บริการเครือข่ายอินเทอร์เน็ตพื้นฐาน 3 ด้าน คือ เว็บไซต์ (Website) จดหมายอิเล็กทรอนิกส์ (e-mail) และโดเมนเนม (DNS) | กระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม | |
| 14 | 2561 | โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ได้รับรางวัลการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2561 (ITA Awards) ในฐานะหน่วยงานที่มีคะแนนสูงสุดในกลุ่มประเภทหน่วยงานองค์การมหาชน จากการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใส ของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ | คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ปปช.) | |
| 15 | 2562 | รางวัลสำหรับหน่วยงานที่มีความพร้อมในการบริการเครือข่ายอินเทอร์เน็ตพื้นฐานและบริการที่รองรับ IPv6 ประจำปี พ.ศ. 2561 | กระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม | |
| 16 | 2563 | รางวัลพระราชทาน จาก สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี มอบให้โรงเรียนที่ได้รับพระราชทานรางวัลบัณณาสสมโภชมาแล้ว 3 ครั้ง และมีโรงเรียนในเครือข่ายได้รับการเสนอชื่อเข้ารับพระราชทานรางวัลบัณณาสสมโภช อย่างน้อย 3 โรงเรียน | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย | |
